Hrvatska zajednica županija uključena je u sve važne programe, radne skupine i odbore koji se bave pitanjima koja utječu na razvoj područne (regionalne) samouprave te je tako postala relevantan sugovornik hrvatskim i europskim institucijama.
Predstavnici Hrvatske zajednice županija imenuju se iz redova članica.
Unutar Hrvatske zajednice županija organizirane su radne skupine za pravna pitanja, gospodarstvo i regionalni razvoj, obrazovanje i kulturu, financije i proračun, zdravstvo i socijalnu skrb, poljoprivredu i ruralni razvoj, prijedlog izmjena Zakona o obrani od tuče, Radna skupina za pomorsko dobro te Radna skupina za upravljanje rizicima.
